پژوهش و تحقیق ابزاری برای توسعه مرزهای دانش و دستیابی به فناوری های نوین و برتر است که به استقلال  و شکوفایی صنعت منجر می شود. دستیابی به این مهم نیازمند داشتن بستر مناسب و برنامه ای از پیش تعیین شده است که در یک ساختار نظام یافته پژوهش محور موجبات تعالی علمی و پربارشدن درخت دانش در جامعه خواهد شد. معاونت پژوهشی دانشگاه آزاد اسلامی واحد مهدی شهر با هدف تولید علم و نهادینه کردن ارتباط صنعت و دانشگاه در راستای اعتلای میهن عزیزمان تمام عزم خود را معطوف محوری نمودن پژوهش و حمایت و هدایت دانش پژوهان و پیوند علم و عمل نموده است .اهم وظایف معاونت به شرح زیر است:

1-     تدوین برنامه ها و نقشه جامع پژوهشی و فناوری

2-     فراهم آوردن امکانات پژوهشی

3-     انجام مطالعات در مورد ارزشیابی فعالیت های پژوهشی

4-     فراهم کردن زمینه ارتباط با صنعت

5-     جذب پروژه های تحقیقاتی و مطالعاتی و فنی از خارج دانشگاه

6-     تشویق گروه های آموزشی به نشر کتب و مقالات علمی

7-     ارتباط با سایر دانشگاه های داخلی و خارجی

8-     ایجاد هسته های پژوهش مدار متشکل از اعضای هیات علمی در همه رشته ها

v     دفتر طرح برنامه و بودجه

برای اعتلای علمی دانشگاه و دانشگاهیان وجود برنامه ای پویا به همراه تسهیلات کافی که موجب آسودگی خاطر و دلگرمی دانش پژوهان شود از ضروریات است. در این راستا اهم وظایف دفتر طرح برنامه و بودجه به شرح ذیل است :

1-     تشویق اعضای هیات علمی و مدرسان به انجام امور پژوهشی و نشر مقالات علمی و چاپ کتب

2-     حمایت از اعضای هیات علمی و مدرسان جهت ارائه مقاله در داخل و خارج از کشور

3-     برنامه ریزی و پیگیری برگزاری نمایشگاه های علمی و فنی

4-     ایجاد زمینه مساعد جهت تبادل تجربیات و اطلاعات و فنی بین دانشگاه ها و مراکز صنعتی

5-     ترغیب گروه ها و ایجاد تسهیلات برای سمینارها و کارگاه های تخصصی و همایش های علمی

6-     برنامه ریزی و ارائه خدمات آموزشی و طرحهای پژوهشی به ارگانهای دولتی و غیردولتی